Como en todas las instituciones, la Iglesia ha tenido que lidiar con mitos que van en contra de sus principios, unos han sido comprobados, otros se quedan en teorías.
La primera esposa de Adán
De acuerdo con la tradición judía, existió otra mujer antes de Eva llamada Lilith, que al igual que Adán, fue hecha de polvo puro, que se rebela contra la divinidad y muestra un carácter diferente. En el Alfabeto de Ben Sira, se narra cómo Lilith se resistió a yacer por debajo de Adán: “¿ Por qué he de yacer debajo de ti? Yo también fui hecha con polvo y por tanto, soy tu igual” Lilith es el demonio rebelde, el mal ejemplo que precedió a Eva, más obediente a lo que Adán esperaba de una mujer.

El matrimonio entre Jesús y María Magdalena
En 2014 salió un libro que habla sobre el supuesto matrimonio entre Jesús y María Magdalena y de sus dos hijos. Los autores Barrie Wilson y Simcha Jacobovici basan su hipótesis en un manuscrito del siglo VI d.C que encontraron en la Biblioteca Británica. En la actualidad se le conoce como una prostituta arrepentida, aunque ninguno de los cuatro Evangelios del Nuevo Testamento hace una alusión a ella como tal. La Iglesia Católica de Roma, la Iglesia Ortodoxa, la Anglicana y la Luterana la consideran santa.
La verdadera muerte de Juan Pablo I
Se cree que la misteriosa muerte del papa Juan Pablo I por un ataque cardíaco, se debió a la relación que existía entre la Mafia Italiana y el banco del Vaticano, finalmente esto salió a la luz. El presidente de dicho banco, Paul Marcinkus habría estado involucrado en diversos crímenes.

La sexualidad en el Vaticano
El tema sexual en dicha instancia siempre es polémico, pero se descubrió que en el Vaticano hay una serie de redes de prostitución y explotación sexual. En un escándalo llamado Vitileaks se descubrieron unos documentos, uno de ellos tenía entre sus páginas que existe un lobby dentro de la Iglesia donde se hacían fiestas sexuales. El expediente también alega que este grupo no se cuidó como se piensa, y fue chantajeado por personas externas.